近年来，农民工培训工作取得突出成效。与此同时，农民工整体技能水平偏低，与转变经济发展方式的客观要求还有较大差距，企业招工难和农民工就业难并存。
(一)农民工培训缺少统筹规划。一是培训机制不顺畅。培训工作多头管理的格局没有得到根本改变，由于部门条块分割，地方或地方某个部门整合资金难度较大。二是政策要求不统一。由于多个部门参与农民工培训，部门之间的培训政策缺乏统一、协调和衔接，每个部门对农民工培训的内容、时间、工种目录、补贴标准、补贴方式都有各自的规定。三是地方理解不一致，基本上从本系统的工作要求出发，强调本部门在农民工培训中的职责和资金，工作中扯皮多，协调难度大。同时，各地农民工培训计划没有建立在对农民工培训需求的准确把握上，造成低水平重复培训、培训资源配置不合理、浪费较严重等问题。
(二)农民工培训资金投入不足。各地农民工职业培训补贴标准总体偏低，培训标准的确定未建立在合理的成本测算基础上，并且缺乏随物价调整的机制，造成部分优质培训机构不愿开展农民工培训，一些培训机构为降低培训成本而缩短培训时间或减少实训时间，从而导致农民工培训质量受到影响。目前，输出地农民工培训基本上是引导性培训和初级职业技能培训，培训时间短，成本低，参加培训的人群规模大，但培训层次较低，培训的针对性、实用性不够强。
(三)企业在农民工培训中的作用发挥不充分。在岗培训是提高农民工技能素质的重要环节。农民工培训必须与企业生产实际相结合，企业是农民工培训的重要平台。目前对企业在农民工培训中的责任缺乏明确的法律和制度规范，对企业承担农民工培训缺乏有效的政策激励。尽管国家已经把新录用农民工在岗培训纳入职业培训补贴范围，但这一政策的执行情况还不是特别理想。加上企业社会责任意识总体上尚较薄弱，企业在农民工培训中的积极性和主动性未得到充分调动，企业在农民工培训中的主体作用发挥不充分。